Церква Трьох Святителів разом із семінарським корпусом входять до складу архітектурного ансамблю колишньої Резиденції православних митрополитів Буковини, де сьогодні знаходиться Чернівецький університет. Перший камінь у фундамент храму заклав владика Євген Гакман у квітні 1867 р. Над його інтер’єром працювало кілька фахівців високого рівня. Церкву розписував маляр-професор із Відня Карл Йобст. Його пензлю належать темперні розписи з біблійними сюжетами. Завдяки чудовій акустиці до храму залюбки приходили послухати службу чернівецькі шанувальники церковного співу, які нині знову отримали таку нагоду.
У 1993 р. після часів радянського атеїзму було відновлено теологічне відділення у складі філософсько-теологічного факультету Чернівецького університету, а у церкві Трьох Святителів відродилися богослужіння, які так само проводять студенти-теологи та їхні духовні наставники-викладачі.